游戏的主要战斗操作方式与大部分横版过关手游相同，左手控制虚拟摇杆，右边释放舰船技能。而三种技能对应不同的效果，鱼雷用于打击突出其来的自爆船，近距离的释放也可对单一目标造成巨量伤害。而航母的释放可以清除屏幕中的敌方攻击，舰炮的释放采用了新颖的手动瞄准镜攻击方式。
在达到10级之后开启自律战斗功能，选择合适的模式进行战斗，更有效的打败敌人。
《碧蓝航线》除了新颖的战斗方式外，更是添加了学院与后宅系统。在长时间的战斗过后，让自己的舰船进行技能学习，或者放置在后宅中，都可以快速的提升整体舰队的战斗实力。多种风格的家具能够满足玩家随意摆设，混合搭配出自己最喜欢的样式。
